Kandidát na pražského primátora Doc. Svoboda v září 2010 vstoupil do ODS. Jeho cílem bylo “uzdravení” ODS:
- “… denodenně na této léčbě pracovat a naučit všechny ostatní, že je řada věcí, které například nejsou protizákonné, ale odporují dobrým mravům. Chci vnést do jednání komunálních politiků etiku. Ve světě je to už běžné”
- Také “Chtěl měnit zaběhnutá pravidla korupcí prolezlého pražského magistrátu, zprůhlednit zakázky, odstřihnout politiky od prebend plynoucích jim z městských firem”.
- “Svobodův boj o nová pravidla se změnil na střet o moc a ekonomický vliv” “To, že se další kolo pražského politického boje koná v dopravním podniku, je logické. Státem vlastněné firmy jsou z hlediska přístupu k veřejným penězovodům lákavé. Prochází přes ně velké množství peněz…”
30.11..2010 byl zastupitelstvem hl. m. Prahy zvolen primátorem v rámci pravolevé koalice ODS a ČSSD a stal se nástupcem Pavla Béma v této funkci. Reakce veřejnosti jak na zvolení Svobody primátorem, tak na koalici ODS-ČSSD byly nepříznivé. Proti Svobodově velké koalici se před magistrátem i v zasedací síni zastupitelstva opakovaně konaly demonstrace. V dubnu 2011 se Svoboda stal nejhůře hodnoceným hejtmanem v ČR. Pozici si však postupně zlepšoval a v květnu 2013 byl dokonce nejlépe hodnoceným krajským představitelem.
21. listopadu 2011 byla ze strany ODS vypovězena koalice ODS–ČSSD na pražském magistrátu. Tuto výpověď inicioval předseda pražské ODS Boris Šťastný. Bohuslav Svoboda se vyslovil, že výpověď koaliční smlouvy mohla vést k jeho pádu jako primátora kvůli jeho nesouhlasu s několikamiliardovým pražským tendrem na svoz odpadu.[18] Tři dny po vypovězení smlouvy byla Svobodou, osmi jeho věrnými ze zástupců ODS v pražském zastupitelstvu (včetně obou dosavadních náměstků Ivana Kabického a Josefa Noska a obou dosavadních radních z ODS Aleksandry Udženiji a Radka Lohynského) a zástupci TOP 09 podepsána nová koaliční dohoda, která byla Šťastnému a deseti jeho „přívržencům“ (mezi nimi i bývalí náměstci a radní z ODS z bývalého vedení radnice za primátora Pavla Béma) předložena jako hotová věc.[zdroj?!] I jimi byla nakonec podepsána. Ještě ve stejný den byli odvoláni členové rady hl. m. Prahy z řad ČSSD a za ně dosazeni noví z řad TOP 09.[19] Nová dohoda tak začala platit skoro o měsíc dřív než se původně předpokládalo, že k nějaké dojde.
Tisk později napsal, že narychlo ušitá nová koalice mezi ODS a TOP 09 byla iniciována hlavně primátorem Svobodou, který je v pražské ODS protiváhou skupiny kolem šéfa pražské ODS Borise Šťastného spojené s předchozí garniturou primátora Pavla Béma a za níž v pozadí stojí podnikatel a tzv. kmotr Tomáš Hrdlička.[20]
Dne 30. ledna 2012 byl zvolen na sněmu pražské organizace ODS předsedou organizace, když získal 68 z 95 hlasů a porazil tak bývalého radního Jiřího Janečka, jenž obdržel 10 hlasů.[21]
Odvolání ředitele Dopravního podniku hl. m. Prahy a. s. Vladimíra Liche v srpnu 2012, iniciované místopředsedou dozorčí rady Davidem Vodrážkou (ODS) a podpořené většinou představenstva,[zdroj?!] vysvětloval Lich především jako politický útok na primátora Svobodu[zdroj?!] a odmítl vlastní pochybení. Média tuto událost vesměs prezentovala jako oslabení Svobodovy politické pozice a politický neúspěch a snažila se odvést pozornost čtenářů od podstaty věci.[zdroj?!]
23. května 2013 byl v tajném hlasování odvolán z postu primátora a s ním i další dva radní za ODS (Aleksandra Udženija a Josef Nosek). Zbylí dva radní ODS (Ivan Kabický a Radek Lohynský) vzápětí rezignovali na své funkce. Pro odvolání členů ODS z městské rady se v zastupitelstvu spojila TOP 09 s ČSSD a KSČM.[zdroj?!] Toto spojení následně Bohuslav Svoboda kritizoval a označil své odvolání za předvolební boj TOP 09 a zkoušku spojenectví Topky s ČSSD před parlamentními volbami. Pozastavil se také nad tím, že TOP 09 svým počínáním napomáhá starým kádrům z ČSSD (konkrétně Karlu Březinovi či Petru Hulinskému) k obnovení vlivu na chod pražské radnice.[zdroj?!] Po hlasování ODS po 22 letech vlády Praze oznámila odchod do opozice. Bohuslava Svobodu v křesle primátora vystřídal jeho dosavadní 1. náměstek z TOP 09 Tomáš Hudeček. Po svém odvolání Bohuslav Svoboda v době povodní kritizoval nové vedení magistrátu za neschopnost a podcenění situace.[22]
V rámci boje o ovládnutí DPP prosadil změnu stanov, nesouhlasil s návrhy vedení na řešení ekonomické situace, to vše se záměrem dosadit vlastního vhodného gen. ředitele.
Následně, co se s ním spojil Sitta ml. a vypukla aféra “jízdenky” a “staré vedení” bylo nuceno rezignovat, inicioval “audit”, který byl zadán bez výběrového řízení Láskovi.
